Помимо преподавания о Антоний занимался активной благотворительной деятельностью: посещал тюрьмы, больницы, был членом Общества религиозно-нравственного просвещения, где выступал с докладами.
В возрасте двадцати семи лет о Антоний был переведен на должность ректора Московской Духовной академии В истории русской духовной школы такой молодой ректор назначался впервые.
Юный ректор был необычайно любим студентами, и любовь эта была взаимной Один из его учеников, протоиерей Сергий Четвериков, вспоминал о своем ректоре и учителе: «Владыка Антоний был сердцем нашего академического мира. Двери его покоев во всякое время были открыты для студентов Сам он часто приходил на нашу вечернюю молитву в академическую церковь и после молитвы о чем-нибудь беседовал Он умел подойти к каждому из нас, из наших отношений с ним был устранен дух формализма и официальности Мы жили, согретые его любовью и лаской И вместе с тем эти отношениям были чужды всякой фамильярности Мы чувствовали его неизмеримое превосходство.»
В 1895 г. о. Антоний был переведен в Казанскую духовную академию Одной из главных забот ректора было привлечение своих студентов к монашескому постригу В монашестве о Антоний видел не столько поприще аскетического подвижничества, выбор которого должен проистекать из склада личности, сколько своего рода передовой отряд Церкви в борьбе с миром, лежащим во зле Ревностный христианский дух будущего архипастыря зажигал сердца: большинство из его шестидесяти студентов, постриженных им в монашество, впоследствии стали архиереями Один из них, впоследствии митрополит Евлогий (Георгиевский), писал в книге воспоминаний «Путь моей жизни»: «Молодой, высокообразованный, талантливый и обаятельный, с десятилетнего возраста мечтавший стать монахом, архимандрит Антоний был фанатиком монашества Его пламенный монашеский дух заражал, увлекал, зажигал сердца. Монашество в нашем представлении благодаря ему возвысилось до идеалов сплоченного, крепкого братства, ордена рати Христовой, которая должна спасти Церковь от прокуратуры (обер-прокуратуры Святейшего Синода), вернуть подобающее ей место независимой воспитательницы и духовной руководительницы русского народа Идею монашества архимандрит Антоний пропагандировал среди нас поистине фанатически».