Почетным председателем был избран Патриарх Сербский Димитрий, а председателем – митрополит Антоний. Предполагалось, что Патриарх Димитрий будет присутствовать на Соборе, но неожиданно произошло событие, которое расстроило это посещение и принесло немало огорчений владыке Антонию Дело в том, что к этому времени еще не утихла острота религиозной вражды, которая существовала между Югославией и Болгарией, и отношения между Сербской Церковью и Болгарской далеко еще не наладились И вот на Собор из Софии прибыл Болгарский митрополит Стефан и привез с собой приветствие от Болгарского Синода. Это вызвало неудовольствие Сербской иерархии, и Патриарх Димитрий отказался посетить русский Собор, сославшись на свою занятость и усталость Болгарский митрополит Стефан, узнав о неудовольствии Сербской иерархии, покинул Собор, оставив приветствие от Болгарского Синода, на которое Собор ответил благодарностью за прием в Болгарию русских беженцев Вскоре после этого Собор получил также и телеграфное приветствие от Сербского Патриарха Димитрия, а также почти от всех сербских архиереев.
Вражда Сербской Церкви к Болгарской была обусловлена тем, что последняя была соборно осуждена со стороны Константинопольского Патриархата за объявление в 1872 г. автономии с опорой на турецкое правительство Поместный Константинопольский Собор открылся 29 августа 1872 г В нем приняли участие 32 архиерея и все восточные Патриархи, кроме Иерусалимского 16 сентября на своем третьем заседании Константинопольский Собор утвердил определение, по которому все болгарские архиереи с клиром и мирянами были объявлены схизматиками, а вся Болгарская Церковь – схизматической.