Наука, в свою очередь, отделяет себя от обоих явлений через отрицание самой категории сверхъестественного, предлагая вместо этого материалистическое и причинное объяснение мироздания. Однако в своем историческом развитии наука именно магико-религиозного мировоззрения, и разрыв этот никогда не был полным. Алхимия, астрология и натурфилософия были колыбелью современной химии, астрономии и физики. Более того, сам научный метод содержит в себе элементы, общие с магическим мышлением: вера в универсальные и неизменные законы, доступные через особые практики, есть не что иное, как светская версия веры в космический порядок. Ключевое различие лежит в области проверки и опровержения: наука требует публичной подтверждаемости и допускает опровержение, тогда как магия и религия действуют в сфере личного откровения и веры, устойчивой к опытному опровержению.
В конечном счете, разграничение осуществляется не на уровне действий (которые могут быть одинаковы: зажигание свечи может быть частью религиозного обряда, магического заклинания или научного эксперимента по измерению скорости горения), а на уровне объяснения и ситуации. Одно и то же действие – произнесение определенных слов над больным – будет считаться молитвой в религиозном контексте, заговором в магическом и эффектом плацебо в научном. Эти системы представляют собой не столько взаимоисключающие подходы, сколько различные языки описания действительности, отвечающие на разные типы вопросов: религия – о смысле и спасении, наука – о механике и причинности, магия – о воле и непосредственном изменении. Их границы проницаемы и постоянно пересматриваются, образуя зону плодотворного смешения, где, например, квантовая физика неожиданно заставляет говорить о сознании в терминах, сближающихся с мистическими.