Парадоксальным образом, именно в горниле преследований и осуждения магическое знание не только не исчезло, но и обрело новую систематизацию и философское обоснование. Период позднего Средневековья и раннего Ренессанса стал свидетелем сложного процесса трансформации оккультных традиций, которые, адаптируясь к господствующему религиозному дискурсу, выработали изощренные формы семиотического сопротивления.
Церковная доктрина, отрицая действенность магии как таковой, признавала её реальность лишь как иллюзорную деятельность, основанную на демоническом вмешательстве. Это вынуждало адептов герметизма и алхимии разрабатывать сложные системы герменевтики – аллегорического и символического толкования своих текстов. Труды таких авторов, как Арнольд из Виллановы или Раймунд Луллий, были насыщены христологическими метафорами: процесс получения философского камня описывался как страдание, смерть и воскресение Христа, что позволяло вписать языческую практику в рамки христианской ортодоксии. Таким образом, алхимическая лаборатория становилась местом не только химических опытов, но и интенсивной духовной работы, а её язык – формой эзотерического богословия.
Народная магия, в свою очередь, также претерпела изменения под давлением преследований. Обвинения инквизиции в создании «сатанинских шабашей» и поклонении дьяволу, изначально бывшие проекцией собственных страхов церковных идеологов, paradoxically повлияли на содержание самих практик. В условиях тотальной подозрительности и страха некоторые маргинальные группы могли сознательно обыгрывать образ «дьяволопоклонника», чтобы усилить свой авторитет или бросить вызов социальным нормам. Так образ ведьмы, созданный инквизицией, в некоторых случаях был интериоризирован и отыгран самими преследуемыми, что ещё больше запутывало и без того сложную картину.