Пещеры были вырублены задолго до появления монахов в Крыму теми, кого ныне историки и археологи называют троглодитами ((др.-греч. τρωγλοδύτης – «живущий в пещере»).
Вот и пришлись их древние жилища кстати монахам. Были некоторые пещеры расширены и внутренние их полости стали православными храмами.

Вид из пещерного храма
Комплекс из более чем 23 пещер разной величины, имеющих определённое назначение, напоминает настоящий городок, полностью себя обеспечивающий.
Миниатюрные кельи с низкими сводами служили для проживания монахов. Имелись хозяйственные помещения для хранения продуктов, жильё управляющего всем монастырским бытом, просторная трапезная для общего принятия пищи.
Особенное помещение с высокими сводами, закруглённое и сужающееся к востоку и западу – пещерный храм, занимающий естественный грот площадью свыше 150 кв. м.

Грот пещерного храма
Алтарь находился в вырубленной прямоугольной нише, отделённой невысокой преградой от апсиды.
Вдоль стен сохранились скамьи, а прямо в полу – захоронения, ещё несколько могил – в западных пещерах храма. Обычно в таких монастырских церквях сберегались мощи святых.
Рядом с алтарём примыкают небольшие ниши, вероятно, выполняющие роль диаконника и жертвенника, у северо-восточной стены – углубления, похожие на разрушенную купель баптистерия.

Гроты Челтер-Коба
Вытянутый 140-метровый грот коридорного типа ведёт к источнику, снабжающему монастырь Челтер-Коба водой и расположенному в верховьях ущелья Хор-Хор (в переводе – «беда-беда»), которое разделяет мысы Куле-Бурун (Башенный мыс) и Ай-Тодор.

Источник и купель у монастыря
Монастырский скит просуществовал до XV века и был разрушен турками, уничтожившими и княжество Феодоро.