К этому времени в гражданском внутрииудейском конфликте религия вышла на первый план. Благочестивые люди Израиля – хасидеи – возглавили восстание, началась «война Бога за Бога».
Первые вооружённые отряды предпочитали умереть, но не нарушать субботу – гибли, как овцы. Они были непримиримы и вооружены чёткой идеологией, на которую Антиох ответил своими указами, – запретом изучения Торы, субботы и обрезания. Ввёл обязательные языческие жертвоприношения, в том числе Зевсу на Храмовой горе. И развернул судебное преследование нарушителей. Появились иудейские мученики.
Самаритяне поспешили дистанцироваться от иудеев. Товиады, выдающиеся реформаторы своего времени, оказались противопоставлены собственному народу в войне на уничтожение.
Чериковер полагает, что Иуда Маккавей бежал из Иерусалима ещё до преследований Антиоха (2 Макк. 5:25-27).
Хасмонеи дали вождя уже вспыхнувшему восстанию и отменили запрет самозащиты в субботу.
Всенародная поддержка, религиозный пыл и военный гений Иуды Маккавея позволил ему сначала вести успешную партизанскую войну, отразить несколько военных экспедиций сирийцев, а затем и отвоевать Иерусалим, очистить Храм и добиться в 162 году отмены антииудейских указов Антиоха Эпифана.
Уже в 164 году до н.э. в Храме была возобновлена служба Богу, Святому Израилеву, также восстановлено судопроизводство на основе Торы. Началась новая планомерная работа по собиранию свитков и кодификации священных текстов. Вместе с тем, произошла социальная революция, были казнены и вытеснены аристократы, началась широкая чистка священства. Это не помешало сопротивлению эллинистов уже в других социальных слоях.