Мать Свифта вскоре вернулась в Англию, и содержание мальчика взял на себя его богатый дядя, родной брат матери, Годвин. В пятнадцать лет Свифт окончил школу и вместе с двоюродным братом Томасом поступил в Дублинский университет. После Оксфорда и Кембриджа это был знаменитейший университет с хорошо поставленным обучением литературе, древним языкам и главным образом – богословию. Студентов ожидала карьера священников. Обучение длилось шесть лет, и все эти годы Свифт находился на содержании дяди, не забывавшего напоминать ему о своих благодеяниях. Он много читал, пробовал писать, нередко кутил, за что получал многочисленные взыскания от начальства. Товарищи относились к нему с уважением, но без особой любви – его немного боялись; пугала острота и сарказм его суждений. Однако многим импонировала настойчивость его характера.
В университете произошел случай, определивший его дальнейшую судьбу. В 1685 году в большом зале университета, в присутствии профессоров, раздававших степень бакалавра искусств, странный, неловкий студент с голубыми глазами и сурово насупленными бровями, потерпевший уже один раз на экзамене по логике неудачу, вновь появился перед экзаменаторами, не пожелав, однако, познакомиться с учебниками.
Его спросили: как же сумеет он рассуждать, не зная правил логики? Он ответил, что сумеет рассуждать и без правил. Неслыханная наглость вызвала скандал. Он все же получил степень, но еле-еле, по «особой льготе», как было сказано в экзаменационном листе. Профессора разошлись «с улыбкой сострадания, сожалея о ничтожных способностях Джонатана Свифта». Таковы были его первые унижения и первый повод к возмущению против людей. Он учился лишь тому, чему хотел. Уже в семнадцать—восемнадцать лет Свифт знал себе цену и подчеркивал независимость своего мышления и характера.